Nacionalna zaklada svoj operativni dio djelovanja ostvaruje putem partnerstva i suradnje. Partnerstva se ostvaruju u dvama ključnim područja operativnoga djelovanja: decentralizaciji financijske podrške razvoju civilnoga društva i regionalnom razvoju civilnoga društva i lokalnih zajednica.
Razvojna suradnja s organizacijama civilnoga društva omogućava dostupnost brzih i prilagodljivih jednokratnih podrški kojima se pravovremeno potiče razvoj civilnoga društva u Republici Hrvatskoj, ali i na međunarodnoj razini te ulaganja u razvoj, prvenstveno organizacija civilnoga društva, ali i svih drugih dionika uključenih u razvoj društva u cjelini, kroz podizanje razine kvalitete njihovog djelovanja i međusektorsku suradnju.