Nacionalna zaklada ostvaruje partnerstva u dva ključna područja svog operativnoga djelovanja:
- Decentralizirani model financiranja razvoja civilnoga društva u Republici Hrvatskoj Nacionalna zaklada ostvaruje u partnerstvu s regionalnim zakladama koje u ime i za račun Nacionalne zaklade raspisuju natječaje za dodjelu financijske podrške inicijativama i projektima kojima se potiče razvoj aktivnog građanstva.
- Regionalni razvoj civilnoga društva i lokalnih zajednica Nacionalna zaklada provodi u partnerstvu s regionalnim mrežama specijaliziranih organizacija civilnoga društva s nadopunjujućim znanjima i kompetencijama u svim županijama koje obuhvaća pojedina regionalna mreža.