Nacionalna zaklada ostvaruje partnerstva u dva ključna područja svog operativnoga djelovanja:
 - Decentralizirani  model financiranja razvoja civilnoga društva  u Republici Hrvatskoj  Nacionalna zaklada  ostvaruje u partnerstvu s regionalnim zakladama koje  u  ime i za račun  Nacionalne zaklade raspisuju natječaje za dodjelu   financijske podrške  inicijativama i projektima kojima se potiče razvoj   aktivnog građanstva.
- Regionalni  razvoj civilnoga  društva i lokalnih zajednica Nacionalna zaklada  provodi u partnerstvu s  regionalnim mrežama  specijaliziranih  organizacija civilnoga društva s  nadopunjujućim  znanjima i  kompetencijama u svim županijama koje  obuhvaća  pojedina regionalna  mreža.