Razvojna suradnja kroz programske podrške svojevrsni je model tematskih fondova kojima se na specifičan način razvija suradnja, prijenos znanja ali i financijski ulaže u pojedino programsko (tematsko) područje razvoja civilnoga društva u Republici Hrvatskoj.
Osnovni cilj razvojne suradnje kroz programske podrške je zajedničko djelovanje na iznalaženju sustavnih modela podrške razvoju civilnoga društva u Republici Hrvatskoj u različitim programskim područjima.
Razvojna suradnja kroz programske podrške u četverogodišnjem razdoblju može se zaključiti s javnim institucijama, ali i s drugim neprofitnim organizacijama, kojima Nacionalna zaklada pruža stručnu i financijsku podršku za uspostavu:
Nacionalna zaklada je započela s provedbom sustavnih modela podrške organizacijama civilnoga društva u programskom (tematskom) području unaprjeđenja djelovanja udruga osoba s invaliditetom kroz pružanje stručne i financijske podrške Ministarstvu socijalne politike i mladih za ustrojavanje sustavne podrške navedenim organizacijama civilnoga društva.
U 2012. godini ovaj oblik razvojne suradnje kroz programske podrške uspostavljen je sa Ministarstvom socijalne politike i mladih zaključivanjem Sporazuma o suradnji i financiranju programa stvaranja sustavne institucionalne podrške savezima udruga osoba s invaliditetom u Republici Hrvatskoj.
U 2013. godini suradnja je proširena uključivanjem podrške i za lokalne uduruge osoba s invaliditetom kroz Sporazum o uspostavi Razvojne suradnje kroz programske podrške u provođenju Pilot-programa sustavne podrške udrugama osoba s invaliditetom u Republici Hrvatskoj zaključenog s Ministarstvom socijalne politike i mladih.