Tijela Zaklade su Upravni odbor i upravitelj Zaklade.
Nacionalnom zakladom za razvoj civilnoga društva upravlja Upravni odbor, koji ima devet članova. Upravni odbor čine tri člana od predstavnika tijela državne uprave i to po jedan iz središnjeg tijela državne uprave nadležnog za poslove financija, središnjeg tijela državne uprave nadležnog za vanjske poslove i europske integracije i središnjeg tijela državne uprave nadležnog za obrazovanje, pet stučnjaka iz raznih područja društvenog razvoja i/ili predstavnika organizacija civilnoga društva odnosno drugih pravnih osoba čija temeljna svrha nije stjecanje dobiti i jednog predstavnika lokalne i područne (regionalne) samouprave, sukladno članku 5. stavak 3. Zakona o Nacionalnoj zakladi za razvoj civilnoga društva.
